封面 版权页 前言 目录页 缩略词 第一章 绪论 1.1 研究背景 1.2 研究目的及意义 1.3 国内外研究现状 1.3.1 卵巢癌 1.3.2 长链非编码RNA 1.3.3 竞争性三元组 1.3.4 内部核糖体进入位点 1.4 本书主要研究内容 1.4.1 新的长链非编码RNA识别方法的开发 1.4.2 卵巢癌中竞争性三元组的识别 1.4.3 卵巢癌中IRES元件与lncRNA功能的相关研究 1.5 本书架构 第二章 长链非编码RNA的识别 2.1 引言 2.2 材料和方法 2.2.1 数据集的构建 2.2.2 逻辑回归模型 2.2.3 序列特征 2.2.4 性能评估 2.2.5 性能比较 2.3 预测模型的构建及分类性能评估 2.3.1 序列特征筛选 2.3.2 lncScore的构建及性能评估 2.3.3 lncScore与其他分类工具的性能比较 2.3.4 跨物种预测的分类性能评估及比较 2.3.5 执行速度比较 2.4 长链非编码RNA预测模型分类性能讨论 2.4.1 模型评估与选择 2.4.2 阈值的选取 2.4.3 执行性能优化 2.5 本章小结 第三章 lncRNA相关竞争性三元组的识别及功能分析 3.1 引言 3.2 卵巢癌中负相关作用对的识别 3.2.1 卵巢癌高通量测序数据的收集和预处理 3.2.2 miRNA靶基因的预测 3.2.3 相关性分析模型的选择 3.2.4 表达负相关的miRNA-lncRNA及miRNA-mRNA作用对 3.3 lncRNA调控模型的构建 3.3.1 现有模型的不足 3.3.2 新模型LncMiM的构建 3.3.3 与现有模型的比较 3.4 长链非编码RNA调控网络的构建及功能分析 3.4.1 miRNA中心型lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建和功能分析 3.4.2 lncRNA中心型miRNA-lncRNA-mRNA调控网络的构建和功能分析 3.4.3 mRNA中心型miRNA-mRNA-lncRNA调控网络的构建和功能分析 3.4.4 lncRNA调控网络的构建及功能分析 3.5 本章小结 第四章 lncRNA与含IRES元件的mRNA互作网络的构建及功能分析 4.1 引言 4.2 IRES功能元件数据库的创建 4.2.1 材料和方法 4.2.2 数据库内容 4.2.3 IRESbase数据库界面 4.2.4 数据统计 4.2.5 讨论和小结 4.3 卵巢癌中lncRNA与含IRES元件的mRNA相互作用对的识别及功能分析 4.3.1 卵巢癌中含IRES元件的mRNA的识别及功能分析 4.3.2 卵巢癌中lncRNA与含IRES元件的mRNA相互作用对的识别 4.3.3 卵巢癌中lncRNA与含IRES元件的mRNA相互作用对的功能分析 4.4 lncRNA与含IRES元件的mRNA互作网络的构建及功能分析 4.4.1 互作网络的构建 4.4.2 互作网络的功能分析 4.5 本章小结 第五章 编码小肽lncRNA的识别及功能分析 5.1 引言 5.2 差异表达lncRNA的识别 5.2.1 数据准备 5.2.2 新lncRNA的识别 5.2.3 lncRNA的差异表达分析 5.3 IRES功能元件识别模型的构建 5.3.1 材料和方法 5.3.2 IRESfinder的性能评估 5.3.3 特征评估及讨论 5.4 差异表达的编码小肽lncRNA的识别及功能分析 5.4.1 编码小肽的lncRNA的识别 5.4.2 编码小肽的lncRNA的功能分析 5.5 本章小结 第六章 总结与展望 6.1 本书工作总结 6.2 后续研究展望 参考文献 附录 ..更多