封面 前折页 书名页 版权页 《基础生物信息学分析实践教程》编委会 前言 目录页 1 美国国家生物技术信息中心（NCBI）网站相关应用 1.1 美国国立生物技术信息中心(NCBI)简介 1.2 NCBI数据库和软件 1.3 应用NCBI查找基因信息 1.4 NCBI比对序列 1.5 NCBI上传原始数据 参考文献 2 BLAST同源序列比对 2.1 BLAST比对 2.2 运用在线BLAST进行目标序列的同源性搜索 2.3 运用在线BLAST进行多序列比对 2.4 运用Clustal X进行多序列比对 参考文献 3 多序列比对及其功能域预测 3.1 多序列比对及其功能域简介 3.2 软件及序列材料 3.3 分析方法与步骤 参考文献 4 系统发育树构建 4.1 系统发育树简介 4.2 系统发育树构建软件 4.3 软件下载、安装及序列文件准备 4.4 利用MEGA开展多序列比对与系统进化分析 4.5 常用多序列比对和系统进化分析服务器及软件 参考文献 5 PCR引物设计及评价 5.1 PCR引物设计简介 5.2 分析方法与步骤 参考文献 6 荧光定量PCR分析基因表达量 6.1 实时荧光定量PCR原理 6.2 实时荧光定量PCR仪的工作部件 6.3 影响荧光定量PCR仪实验的影响因素 6.4 实时荧光定量PCR技术的定量方法 6.5 实时荧光定量PCR技术的具体操作 6.6 实时荧光定量PCR技术的应用 参考文献 7 基因预测分析 7.1 基因预测简介 7.2 基因数目预测的主流软件 7.3 基因预测的基本方法和步骤 7.4 基因预测的基本分析内容 7.5 基因预测示例 7.6 总结 参考文献 8 RNA二级结构分析 8.1 RNA结构简介 8.2 使用RNAstructure对RNA二级结构进行分析预测 8.3 使用Vienna RNA Package进行RNA二级结构预测 参考文献 9 蛋白质分析及结构预测 9.1 蛋白质结构预测简介 9.2 软件和数据库 9.3 蛋白质的一级结构预测 9.4 蛋白质的二级结构预测 9.5 蛋白质的三级结构预测 9.6 常用蛋白质分析服务器 参考文献 10 GO分析基因功能 10.1 GO简介 10.2 软件和数据库 10.3 AmiGO 2在线浏览和搜索 10.4 DAVID注释分析 10.5 AgriGO在线分析 10.6 常用功能富集分析服务器或语言包 参考文献 11 KEGG等代谢通路专业数据库 11.1 代谢通路数据库简介 11.2 软件和数据库 11.3 KEGG数据库简介 11.4 KEGG PATHWAY子数据库 11.5 整合表达谱数据KEGG通路可视化 11.6 KEGG通路注释及富集分析 11.7 MetaboAnalyst（https://www.metaboanalyst.ca/） 参考文献 12 作物专属基因组数据库及其应用 12.1 作物专属基因组数据库简介 12.2 Ensembl Plants数据库介绍 12.3 Ensembl Plants数据库基因组下载 12.4 Ensembl Plants数据库数据查询 12.5 其他常用的作物基因组数据库 参考文献 13 Linux系统入门及编程基础 13.1 Linux操作系统概述 13.2 Linux实战安装操作 13.3 文件和目录基本操作命令 13.4 文件和目录权限管理 13.5 Linux的基本网络配置 13.6 Web服务器的配置和管理 参考文献 14 基因组从头拼接 14.1 测序数据简介 14.2 测序数据预处理 14.3 用FastQC软件对测序数据进行质量评估 14.4 利用FASTX_Toolkit对测序Reads进行处理 14.5 基于SOAPdenovo软件的基因组拼接 参考文献 15 转录组数据从头拼接 15.1 Trinity软件的下载和安装 15.2 Trinity使用的常用例子及相应的参数 15.3 利用RSEM软件进行表达量计算 15.4 使用Transdecoder预测蛋白编码区 15.5 IGV查看 参考文献 16 全基因组关联分析 16.1 关联分析概念与优势 16.2 关联分析研究策略及应用 16.3 群体结构对关联分析影响及对策 16.4 关联分析模型发展与模型选择 16.5 GWAS数据分析流程 16.6 GWAS操作演示 16.7 结论与展望 参考文献 后折页 封底 ..更多